Ngày 29/12/1956, Bộ Thương nghiệp đã ban hành Nghị định số 466/BTN thành lập Công ty Xăng dầu mỡ kiêm Tổng kho Vinh (tiền thân của Công ty Xăng dầu Nghệ An) trực thuộc Tổng Công ty Xăng dầu mỡ (nay là Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam).
Đầu năm 1955, Bộ Thương nghiệp, trực tiếp là Tổng Công ty Bách hóa đứng ra xây lắp kho Xăng dầu tại Vinh ( một trong 06 kho Xăng dầu lớn của miền Bắc nước ta). Dựa theo đề án thiết kế xây lắp kho đã có sẵn và với sự giúp đỡ của chuyên gia Liên Xô khảo sát tư vấn kỹ thuật để xây dựng hệ thống kho cảng Xăng dầu tại Nghệ An, “cánh đồng Tàu bay” tại xã Hưng Hòa - Tp Vinh- tỉnh Nghệ An đã được các chuyên gia lựa chọn vì có vị trí đất đai rộng lớn liền kề dòng Sông Lam để làm cầu cảng xa vùng dân cư, cạnh sông, sát đường bộ ( đê 42 nay là đê tả Lam).
Bộ Thương nghiệp đã cử đồng chí Hà Huy Sinh (Tổng cục Xăng dầu mỡ) về quản lý công trình và Tỉnh ủy tỉnh Nghệ An cử đồng chí Chế Đình Hồng cán bộ Tỉnh ủy sang cùng phối hợp tạo thành bộ máy điều hành chung gọi làm Ban chủ nhiệm Công ty.
Tháng 5/1957, Cán bộ công nhân viên cùng với lực lượng chuyên gia Liên Xô đã xây dựng nên hệ thống kho bể chứa xăng dầu có dung tích khoảng 6800m3 và hệ thống cầu cảng nhập tàu đường thủy Sông Lam đã hoàn thiện.
Năm 1960, mở rộng thêm các bể chứa, đường ống và các thiết bị đồng bộ nâng thêm dung tích 4600m3, sau đó từ năm 1963-1964 tiếp tục nâng sức chứa lên 3000m3. Tính chung đến giữa năm 1964 tổng dung tích chứa của kho Xăng dầu Bến Thủy đạt 14.400m3 với 14 bể chứa lớn nhỏ đã hoàn thành và kho I- Bến Thủy được xem là quy mô và hiện đại nhất lúc bấy giờ trong hệ thống kho cảng Xăng dầu tại miền Bắc.
Việc hoàn thiện hệ thống kho cảng Xăng dầu trước giai đoạn chống Mỹ cứu Nước là một sự cố gắng và nỗ lực của Ngành Xăng dầu nói chung và của Công ty Xăng dầu mỡ Nghệ An nói riêng đáp ứng kịp thời kinh doanh Xăng dầu mỡ rại Nghệ An và khu vực Hà Tĩnh, Quảng Bình và Vĩnh Linh (Quảng Trị).
Vào lúc 12h15 phút ngày 5/8/1964 máy bay Mỹ chính thức đánh phá hệ thống kho cảng Xăng dầu Bến thủy và khu vực Bến Thủy – Vinh . Tất cả các hệ thống cảng và kho xăng dầu là nằm trong kế hoạch đánh phá trọng tâm nhất của đế quốc Mỹ sau sự kiện “vịnh Bắc Bộ”. Khởi đầu cho việc đánh đánh chiếm xâm lược miền Bắc của nhân dân ta.
Hệ thống kho bể đã bị giặc mỹ đánh cháy hoàn toàn; toàn bộ cơ sở vật chất bị san phẳng chỉ còn lại bờ tường gạch diện tích 3m2.
Sau khi đất nước thống nhất; kho Xăng dầu Bến Thủy được Tổng Công ty đầu tư xây dựng lại hệ thống bồn bể với 12 bể chứa hàng hóa xăng dầu với dung tích của toàn kho đạt 12.800m3.
Và đến hôm nay, đi cùng sự phát triển của đất nước, Công ty cũng có những nâng cấp thay đổi để đáp ứng được nhu cầu tiêu thụ hàng hóa xăng dầu trên địa bàn khu vực Nghệ Tĩnh nói chung và Nghệ An nói riêng nâng cấp đầu tư bể chứa lên đến 18 bể với dung tích chứa của kho đạt 19.000m3 trong đó có 02 bể chứa cồn Ethanol 100 có dung tích 200m3.
Kho bể hiện nay có diện tích gần 12 ha, trong đó có 2000m2 là sân bãi dành cho ô tô xitéc chờ vào nhận xăng dầu với hệ thống quản lý xe vào ra bằng phần mềm tự động xếp lot theo đơn hàng trên hệ thống phần mềm đặt hàng dành cho khách hàng; Hệ thống tự động hóa kho bể và ứng dụng CNTT vào quản lý trong kho luôn được Tập đoàn cũng như Công ty trang bị hiện đại phù hợp với thời đại công nghệ chuyển đổi số hiện nay với 17 bộ máy tính trong đó có 2 hệ thống máy chủ và 15 máy tính cá nhân vận hành các phần mềm quản trị SAP-ERP của ngành cũng nhưng các phần mềm của cơ quan chức năng liên quan. Kho có 33 CBCNV-NLĐ được đào tạo bài bản về chuyên môn kỹ thuật của nghành và được phân công theo tổ đội chuyên môn rõ ràng tương ứng từng khâu, từng bộ phận vị trí công việc trong kho. Kho có hệ thống cầu cảng đường sông nhập xuất tàu thủy đạt tải trọng 1.200 DWT với cầu cảng dài 34 m và hệ thống nhập đường ống từ kho Nghi Hương về. Với số lượng họng xuất hiện nay là 10 họng xuất ( 8 họng xuất dành cho ôtô xitéc và 2 họng xuất đường thủy); Hệ thống máy bơm xăng dầu có 14 máy với công suốt 22kw; hệ thống chữa cháy tự động với 4 máy bơm điện công suất cao (2 máy công suất 45kw và 2 máy công suất 75kw) và 02 máy bơm di động công suất 45kw đảm bảo an toàn về PCCC; Bên cạnh đó hệ thống Camera giám sát về an ninh, an toàn về vận hành các hoạt động tại kho 24/24h luôn được vận hành một cách bài bản đúng quy định.
Với 68 năm trải qua biết bao sự thay đổi của Đất nước cũng như Tỉnh nhà, kho Xăng dầu Bến Thủy là một bộ phận không thể thiếu của Công ty trong nhập xuất tồn chứa và cung ứng Xăng dầu cho địa bàn tỉnh Nghệ An, Hà Tĩnh và tái xuất cho nước bạn Lào. Luôn mang trong mình sứ mệnh về phát triển ổn định về nhiêu liệu đảm bảo an ninh năng lượng, an ninh kinh tế để Đất nước ngày cảng phồn thịnh vững bước đi lên trong tương lai.